Идею залоговых аукционов с целью пополнения бюджета выдвинул Владимир Потанин, возглавлявший "ОНЭКСИМ-банк". Инициатива была поддержана тогдашним первым вице-премьером правительства Анатолием Чубайсом и вице-премьером Олегом Сосковцом. Курировал проведение аукционов глава Госкомимущества Альфред Кох.

Схема залоговых аукционов была следующей: правительство получало кредит у нескольких коммерческих банков, передавая им взамен во временную собственность пакеты акций. Через установленное время правительство должно было возвратить кредиты, а в случае невозврата государственные пакеты акций переходили в собственность банков.

Получвлась парадоксальная ситуация, поскольку банки фактически "кредитовали" государство государственными же деньгами. Минфин России предварительно размещал на счетах банков – участников консорциума средства в сумме, практически равной кредиту, а затем эти деньги передавались Правительству Российской Федерации в качестве кредита под залог акций наиболее привлекательных предприятий. В результате банки, „кредитовавшие“ государство, смогли непосредственно, либо через аффилированных лиц, не вкладывая собственные средства, стать собственниками находившихся у них в залоге пакетов акций государственных предприятий.

В 2004 году Счётная палата России, анализируя процессов приватизации государственной собственности в Российской Федерации, отметила, что "в результате проведения залоговых аукционов отчуждение федеральной собственности было произведено по значительно заниженным ценам, а конкурс фактически носил притворный характер".

При этом приводится ряд нарушений в ходе проведения аукционов, в частности: "анализ состава участников аукционов и их гарантов показал, что в большинстве случаев состязательность при проведении аукционов не предполагалась. Из 12 аукционов лишь в 4-х сумма кредита существенно превысила начальную цену." Кроме того "вопреки Правилам проведения аукционов банки не направляли кредитные средства на счёт в Центральном банке, оставляя средства в тех же коммерческих банках, но на специальных счетах".

В результате залоговых аукционов ОНЭКСИМ Банк (Потанин) стал владельцем "Норильского никеля" и "Сургутнефтегаза", банк МЕНАТЕП, контролируемый Ходорковским, — ЮКОСА и Мурманского морского пароходства. На залоговых аукционах были также проданы такие предприятия, как "Лукойл", "Сиданко", "Сибнефть", Новороссийское морское пароходство и др.

Осенью 2011 Роман Абрамович в лондонском суде под присягой заявил, что фактически залоговый аукцион по приватизации "Сибнефти" носил фиктивный характер: сговор Бориса Березовского и его партнёра Бадри Патаркацишвили с другими участниками торгов позволил им избежать конкуренции и купить компанию за стартовую цену.

Старший редактор журнала Forbes Пол Хлебников (убит в Москве 9.07.2004, преступление не раскрыто) так комментировал "дело ЮКОСа": "Мы наблюдаем, как агонизирует клептократическая система ельцинской России. Вопиющий пример порочности приватизационной эпохи — пресловутые залоговые аукционы 1995-1997 годов, обеспечившие Ходорковскому его состояние. Покупая у государства активы в ходе такой закулисной сделки и по столь заниженной цене, вы рискуете, что ваши права на новую собственность никогда не будут надежно защищены. Сограждане будут считать вас мошенником, а государство — скорее хранителем активов, чем их подлинным владельцем".

Чубайс, оправдывая проведение залоговых аукционов, заявлял впоследствии: "Если бы мы не провели залоговую приватизацию, то коммунисты выиграли бы выборы в 1996 году, и это были бы последние свободные выборы в России, потому что эти ребята так просто власть не отдают".