Когда, в начале февраля 1565, царь Иоанн Грозный воротился в Москву из Александровской слободы, он объявил, что вновь принимает на себя правление, с тем, чтобы ему вольно было казнить изменников, налагать на них опалу, лишать имущества "без докуки и печалований со стороны духовенства" и учредить в государстве опричнину, т.е. выделить часть государства, с особым управлением для содержания царского двора.

В опричину царь отделил часть бояр, служилых и приказных людей и вообще весь свой "обиход" сделал особым: во дворцах Сытном, Кормовом и Хлебенном был назначен особый штат ключников, поваров, псарей и т.п. Были набраны особые отряды стрельцов. На содержание опричины были назначены особые города (около 20), с волостями. В самой Москве некоторые улицы (Чертольская, Арбат, Сивцев Вражек, часть Никитской и пр.) были отданы в распоряжение опричнины, прежние жители были переселены на другие улицы.

Всё остальное государство должно было составлять "земщину". Царь поручил его земским боярам, т.е. собственно боярской думе, и во главе управления поставил князей Ив.Дм. Бельского и Ив.Фед. Мстиславского. Все дела должны были решаться по старине, причём с большими делами следовало обращаться к боярам, если же случатся дела ратные или важнейшие земские — то к государю.

В опричнину было набрано также до 1000 князей, дворян, боярских детей, получивших в народе прозвание "опричники". Они должны были отрекаться от всего и всех, от семьи, отца, матери, и клясться, что они будут знать-служить только государю и беспрекословно исполнять только его приказания, обо всем ему доносить и с людьми земскими не иметь сношений. Внешним отличием опричников служили собачья голова и метла, прикреплённые к седлу, в знак того, что они грызут как собаки и метут изменников царю.

Опричникам были розданы поместья в волостях, назначенных на содержание опричнины. Прежние помещики и вотчинники были переведены из тех волостей в другие.

После учреждения опричнины начались казни. Многие бояре были заподозрены в измене и сосланы в разные города. Имущество казнённых и сосланных отбиралось на государя и раздавалось опричникам, число которых скоро возросло до 6000. На все поступки опричников царь смотрел сквозь пальцы. При столкновении с земским человеком опричник всегда выходил правым. Опричники скоро сделались бичом и предметом ненависти для народа, царь же верил в их верность и преданность, и они действительно беспрекословно исполняли его волю. Все кровавые деяния второй половины царствования Грозного были совершены при непременном и непосредственном участии опричников.

Скоро царь с опричниками уехал в Александровскую слободу, из которой сделал укреплённый город. Там он завёл нечто в роде монастыря, набрал из опричников 300 человек братии, себя назвал игуменом, кн. Вяземского — келарем, Малюту Скуратова — параклисиархом, вместе с ним ходил на колокольню звонить, ревностно посещал службы, молился и вместе с тем пировал, развлекал себя пытками и казнями.

Иногда делал наезды на Москву, где казни принимали ужасающий характер, тем более, что ни в ком царь не встречал противодействия. Митрополит Афанасий был слишком слаб для этого и, пробыв два года на кафедре, удалился на покой, а его преемник Филипп Колычёв, смело говоривший царю правду, скоро был лишён сана и жизни. Род Колычёвых, к которому принадлежал Филипп, подвергся преследованию. Некоторые из его членов были казнены по приказу Иоанна.

В это же время погиб и двоюродный брат царя, Владимир Андреевич. В декабре 1570, подозревая новгородцев в измене, Иоанн, в сопровождении дружины опричников, стрельцов и других ратных людей, выступил против Новгорода, грабя и опустошая все города и сёла на пути. Опричники брали у жителей всё, что можно было унести с собой, и уничтожали остальное.

В начале января войска подошли к Новгороду и опричники начали свою расправу с жителями: людей забивали до смерти палками, бросали в Волхов, ставили на правёж, чтобы принудить их к отдаче всего своего имущества, жарили в раскалённой муке. Пять недель продолжалось избиение, тысячи людей погибли, были разграблены монастыри, сожжены скирды хлеба, избит скот.

Из Новгорода Иоанн Грозный отправился к Пскову и готовил ему ту же участь, но ограничился казнью нескольких псковичей и грабежом их имущества, после чего возвратился в Москву, где снова начались розыски и казни: искали сообщников новгородской измены.

Были обвинены и казнены даже любимцы царя, опричники Басмановы отец с сыном, князь Афaнасий Вяземский, печатник Висковатый, казначей Фуников и др. В конце июля 1570 в Москве было казнено до 200 человек. Палачи-опричники кололи, рубили, вешали, обливали осуждённых кипятком. Сам царь принимал участие в казнях, а толпы опричников стояли кругом и приветствовали казни криками "гойда, гойда".

Преследованию подвергались жёны, дети казнённых, даже их домочадцы. Казни не раз возобновлялись, и впоследствии погибли: князь Петр Серебряный, думный дьяк Захарий Очин-Плещеев, Иван Воронцов и др., причём царь придумывал особые способы мучений: раскаленные сковороды, печи, клещи, тонкие верёвки, перетирающие тело, и т.п. Боярина Козаринова-Голохватова, принявшего схиму, он велел взорвать на бочке пороха, на том основании, что схимники — ангелы, а потому должны лететь на небо.

В 1575 Иоанн поставил во главе земщины крещёного татарского царевича Симеона Бекбулатовича, бывшего раньше касимовским царевичем, венчал его царским венцом, сам ездил к нему на поклон, величал его "великим князем всея Руси", а себя — "государем князем московским". От имени великого князя Симеона всея Руси писались некоторые грамоты. Симеон оставался во главе земщины не более двух лет: затем Иоанн дал ему в удел Тверь и Торжок.

Опричнина существовала до самой смерти Грозного (1584), но само зто слово стало заменяться словом двор, а опричник — словом дворовый; вместо "города и воеводы опричные и земские" говорили "города и воеводы дворовые и земские".