Родился 14.06.1529. Второй сын эрцгерцога Австрии, императора Фердинанда I и его жены Анны Богемской и Венгерской.

По приказу своего отца в 1547 Фердинанд стал заниматься управлением Богемии. В 1556 вёл кампанию против турок в Австрии.

На своих землях Фердинанд убедился в введении католической контрреформации. Он был большим почитателем искусства. В настоящее время его коллекции находятся в Музее истории искусств в Вене.

В 1557 Фердинанд тайно женился на Филиппине Вельзер, дочери банкира из Аугсбурга, и имел от неё детей. Брак был узаконен императором в 1559 в условиях секретности. Их дети носили титул Австрийские, но были полностью исключены из линии наследования. Сыновья Андреас (1558-1600) и Карл (1560-1627) получили титул маркграфов Бургау, старинного владения Габсбургов в Передней Австрии.

После смерти отца в 1564, Фердинанд получил Тироль и Переднюю Австрию. Кроме того, по желанию своего старшего брата Максимилиана (1527-1576) он остался наместником в Праге до 1567.

После смерти Филиппины Фердинанд женился в 1582 на своей племяннице Анне-Катерине (1566-1621), дочери Вильгельма I, герцога Мантуи.

Фердинанд умер 24.01.1595. После его смерти Тироль был объединен с владениями Габсбургов, так как дети от первого брака были исключены из наследования, а во втором родилась только дочь Анна (1585-1618), которая вышла замуж за императора Маттиаса, получившего в качестве приданного Переднюю Австрию.